Das Handwerkliche spielte auch bei Peiners Lehre der Malerei die zentrale Rolle. Die Studierenden erhielten eine am Vorbild der Handwerkerausbildung orientierte Schulung als Lehrlinge, Gesellen und Meisterschüler mit abschließender Meisterprüfung. Der Lehrplan umfasste alle Gebiete der Malerei: Bildteppich, Fresko, Mosaik und Glasfenster. Neben dem Studium altmeisterlicher Maltechniken, der Kompositionslehre und der Anatomie wurde der kunstgeschichtliche Unterricht zur deutschen, niederländischen und italienischen Renaissance erteilt. Aber alle diese Studien hatten letztendlich den eher einseitigen Zweck, zur Mitarbeit an den Staatsaufträgen Peiners zu befähigen. Innerhalb der Studienzeit von mindestens drei Jahren konnten sich die Schüler der Prägung durch Peiner nicht entziehen. Seine Kunst wurde zum alleinigen Maßstab. Einen Austausch mit anderen Kunstakademien gab es nicht. Mit der Moderne kamen die Schüler nicht in Berührung; sie wurde tabuisiert.

Lehrer und Schüler bildeten im Haus Kronenburg eine abgeschlossene Gemeinschaft, die der christlichen Symbolik von zwölf Schülern und einem Meister entsprach. Nicht christlich waren der „Treueschwur auf Führer und Reich“ und die Bestimmung, dass die Schüler arischer Abstammung sein mussten. Der „Hermann-Göring-Meisterschule“ lag ein von Peiner verfasstes und von Göring unterzeichnetes Statut zugrunde, das „Geistige Gesetz der Hermann-Göring-Meisterschule“, das dazu dienen sollte, der Schule „einen sittlichen Halt zu geben“ und „der Gemeinschaft eine ordensmäßige Bindung zu verleihen“. Gemäß diesem Statut war Göring der Schirmherr der Schule, als deren Leiter Peiner den Titel eines Direktors und führenden Meisters trug. Entsprechend lautete per Erlass durch Göring vom 4. Mai 1943 der veränderte Name „Meisterschule der Malerei Werner Peiner unter der Schirmherrschaft des Reichsmarschalls Hermann Göring“.